Храм построен в 1862 году.
Каменный храм в честь Воскресения Господня в г. Каунасе был воздвигнут на православном кладбище в 1862 году.
С 1920 по 1935 года Воскресенский храм являлся Кафедральным собором митрополита. После построения рядом нового Кафедрального Благовещенского собора Воскресенский храм стал приписным.
По окончании Первой Мировой войны на приходские средства был произведен ремонт, а в 1923 году отремонтированный храм Воскресения Господня был торжественно освящен архиепископом Елевферием (Богоявленским).
Воскресенский приход в советские времена был официально зарегистрирован в 1947 году. Богослужения в храме совершал священник из Благовещенского собора. В 1957–1958 годах был произведен капитальный ремонт.
Храм в 1962 году был закрыт по распоряжению государственных властей, указав причину, что одна религиозная община, якобы, не может пользоваться двумя соборами одновременно - Воскресенским и Благовещенским. Здание храма было приспособлено к архиву.
В начале 2000 года Воскресенский храм был отремонтирован, после чего вновь открыт. В настоящее время он является приписным к Благовещенскому собору.